Es gibt keine spezielle Funktion, um Zahlungen von Zahlungsgateways abzugleichen, die eine Gebühr erheben. Im Allgemeinen muss der Betrag des zahlenden Dokuments gleich (oder höher) sein, damit die Rechnung vollständig bezahlt wird. Ein interner Beleg kann nicht mit einem anderen Beleg oder einer Zahlung gekoppelt werden.

Aus Flexi-Sicht wäre ein mögliches Verfahren z. B. die Ausgabe eines Bons von 100Kč anstelle eines Bons von 97Kč und einer Auszahlung von 3Kč. Die Rechnung von 100Kč könnte dann mit der Zahlung gekoppelt werden und die restlichen 3Kč würden bei Bedarf als Aufwand verbucht werden.