Nie je k dispozícii žiadna špeciálna funkcia na párovanie platieb z platobných brán, ktoré účtujú poplatok. Vo všeobecnosti platí, že suma platobného dokladu musí byť rovnaká (alebo vyššia), aby bola faktúra uhradená v plnej výške. Interný doklad nie je možné spárovať so žiadnym dokladom alebo platbou.

Napr. z pohľadu Flexi by bolo možné postupovať tak, že namiesto príjmového dokladu na 100Kč by sa vystavil príjmový doklad na 97Kč a výdavkový na 3Kč. Faktúra vo výške 100Kč by sa potom mohla spárovať s platbou a zvyšné 3Kč by sa mohli zaúčtovať ako výdavok podľa potreby.