Interný doklad nie je možné spárovať, úhrada musí byť realizovaná prostredníctvom vzájomného zápočtu.
Príklad: Mám prijatú faktúru za nákup auta, ktoré bolo čiastočne zaplatené v hotovosti a 150 tis. bolo zaplatených z dlhodobého úveru. Interným dokladom som previedol 150 tis. na dlhodobé záväzky (321/479), takže účet 321 má nulový zostatok. V knihe faktúr však zostáva faktúra uhradená len čiastočne.
1) vytvoríme ručný zápočet s typom pohybu výdavok (tento pohyb uhradí faktúru a spáruje ju)
2) vytvorte ručný zápočet s typom pohybu výnosy (tento pohyb vyrovná spojovací účet)