Vo Flexi sú k dispozícii iba Podklady pre vyúčtovanie dane z príjmu zo závislej činnosti (Zamestnanci -> Tlačové výstupy -> Pre finančný úrad -> Výpočet dane a daňového zvýhodnenia ).
Vzniknutý preplatok či nedoplatok je potom možné uviesť do konkrétnej mzdy na záložke Daň (Zamestnanci -> Aktualizácia miezd -> Zmeniť (danú mzdu) -> Daň -> Preplatok alebo nedoplatok dane z ročného zúčtovania.