Ve Flexi jsou k dispozici pouze Podklady pro vyúčtování daně z příjmu ze závislé činnosti (Zaměstnanci -> Tiskové výstupy -> Pro finanční úřad -> Výpočet daně a daňového zvýhodnění ).

Vzniklý přeplatek či nedoplatek je poté možno uvést do konkrétní mzdy na záložce Daň (Zaměstnanci -> Aktualizace mezd -> Změnit (danou mzdu) -> Daň -> Přeplatek nebo nedoplatek daně z ročního zúčtování.