Žádnou speciální funkci k párování plateb z platebních bran, které si účtují poplatek, Flexi neobsahuje. Obecně musí být částka uhrazujícího dokladu, pro plnou úhradu faktury, stejná (nebo větší). Interní doklad nelze spárovat s žádným dokladem, či platbou.

Z hlediska Flexi by byl např. možný postup vystavit namísto příjmu 97Kč, příjem 100Kč a výdej 3Kč. Fakturu o částce 100Kč by tedy bylo možné v pořádku s platbou spárovat a zbylé 3Kč, jako výdej, byste zaúčtovali dle potřeby.