Záloha vytvorená z prijatej objednávky je skutočne vždy bezpoložková, takže odpočet z položky faktúry by bol možný len z druhej strany - najprv vytvoriť faktúru s položkami v príslušnej výške a potom odpočítať zálohu (cez Služby v detaile faktúry).
Ďalšou možnosťou, pravdepodobne používateľsky prívetivejšou, je vytvoriť faktúru z prijatej objednávky. Ak už bola pre danú objednávku vytvorená záloha, automaticky sa ponúkne na odpočet pri pokuse o vytvorenie faktúry (daňového dokladu). Po potvrdení sa vytvorí faktúra s príslušnými položkami a odpočtom zálohy.