Niektoré banky používajú jeden účet, ale vedú ho v rôznych menách (napr. Raiffeisenbank). Flexi je na túto možnosť pripravený - je potrebné, aby ste tento účet mali dvakrát zadaný v zozname bankových účtov (menu Peniaze - Banka).

Pri vypĺňaní záložky Bankové informácie - položka Zmena banky sa vyskytne rozdiel a v niektorých prípadoch je potrebné použiť iný Format pre prevzaté výpisy a príkazy.
​

Takisto musíte mať v počítači samostatný adresár pre každé z týchto účtov.