Ak sú v počítači nainštalované dve verzie Javy a Flexi sa nemôže spustiť, pravdepodobne sa pokúša spustiť s nepodporovanou verziou Javy. Musíte odkomentovať Flexi_java v /etc/default/flexi a nastaviť cestu k Jave, ktorú chcete, aby Flexi používal.