Ve Flexi se nenachází žádná funkce pro automatické zadání časového rozlišení.
Časové rozlišení je potřeba zadat ručně pomocí interního dokladu.
Jinou možností je zadat např. přijatou fakturu s položkami - jedna položka se zaúčtováním do nákladů, druhá položka na účet časového rozlišení. V následujícím období pak zaúčtovat přes interní doklady rozpuštění časového rozlišení.