Flexi neobsahuje žiadnu špeciálnu funkciu na párovanie platieb z platobných brán, ktoré si účtujú poplatok. Vo všeobecnosti musí byť suma uhrádzajúceho dokladu, pre plnú úhradu faktúry, rovnaká (alebo vyššia). Interný doklad nie je možné spárovať so žiadnym dokladom ani platbou.
Z pohľadu Flexi by bol napríklad možný postup vystaviť namiesto príjmu 97 Kč príjem 100 Kč a výdaj 3 Kč. Faktúru vo výške 100 Kč by teda bolo možné v poriadku spárovať s platbou a zvyšných 3 Kč, ako výdaj, by ste zaúčtovali podľa potreby.